## BIOKAP 1.0 BIOKAP 1.0 est un logiciel open source pour le traitement des données de séquençage de l'ARN-seq. Il fournit un ensemble complet d'outils pour l'analyse de l'expression génique, la détection de variants et l'analyse de l'épissage. ### Fonctionnalités * **Contrôle qualité des données:** Évaluation de la qualité des données de séquençage et identification des problèmes potentiels. * **Alignement des lectures:** Alignement des lectures de séquençage sur un génome de référence. * **Quantification de l'expression génique:** Estimation de l'abondance des transcrits d'ARN à partir des données de séquençage. * **Analyse différentielle:** Identification des gènes différentiellement exprimés entre différents groupes d'échantillons. * **Détection de variants:** Identification des variations de séquence, telles que les SNP, les insertions et les délétions. * **Analyse de l'épissage:** Caractérisation des événements d'épissage et identification des variantes d'épissage. ### Avantages * **Open source:** BIOKAP 1.0 est un logiciel gratuit et open source, ce qui permet aux utilisateurs de le personnaliser et de l'étendre. * **Complet:** BIOKAP 1.0 fournit un ensemble complet d'outils pour l'analyse de l'ARN-seq, couvrant toutes les étapes du traitement des données. * **Efficace:** BIOKAP 1.0 est optimisé pour les performances et peut traiter de grands ensembles de données de séquençage. * **Facile à utiliser:** BIOKAP 1.0 dispose d'une interface conviviale et d'une documentation complète, ce qui le rend accessible aux utilisateurs de tous niveaux. ### Exigences * Système d'exploitation: Linux ou macOS * Mémoire: Au moins 8 Go de RAM * Espace disque: Au moins 100 Go d'espace disque libre * Processeur: Processeur multicœur recommandé ### Installation BIOKAP 1.0 peut être installé à l'aide de la commande suivante: ```bash pip install biokap ``` ### Documentation La documentation complète de BIOKAP 1.0 est disponible sur le site Web du projet: * [Documentation BIOKAP 1.0](https://biokap.readthedocs.io/en/latest/)